Buna je završila 9. veljače u krvavoj bici kod Stubičkih Toplica u kojoj je poražena glavnina ustaničke vojske. Biskup Drašković opisao je ovaj događaj kao “veliku bitku”. Započela je iza podneva, a završila nakon četiri sata u zimsko predvečerje. Pod Gupčevim vodstvom okupila se glavnina ustaničke vojske. Otpor seljaka bio je neobično jak i učinkovit, iako su bili slabije naoružani i izvježbani nego feudalci. No ipak, Alapić je kod Stubičkih Toplica, javlja Drašković kralju, porazio ustanike i sada ih još uvijek “kažnjava ognjem i mačem kao izdajnike”.
Gubec je uhvaćen i odveden u Zagreb, gdje je prema nekim izvorima, mučen užarenim kliještima, okrunjen užarenom željeznom krunom i na kraju raščetvoren.
